AIPOCH Open-Science 1.0.7

Öne Çıkanlar​

• Standalone Node backend: Desktop, web, CLI ve Notebook’un kullandığı shared service’ler artık standart bir Node process içinde çalışıyor. Command line ve headless mode için windowless Electron host gerekmiyor, desktop app native client olarak bağlanıyor ve desktop backend’ler otomatik olarak boş bir port seçiyor.
• Connector kapsamı genişletildi: Yeni built-in ENCORI connector, miRNA–target ve RNA–RNA interaction evidence sağlıyor. ChEMBL’e assay detail’leri ve bioactivity pagination, ClinVar’a ise individual submission evidence eklendi.
• Scientific PDF fidelity geliştirildi: PDF translation artık native reading order’ı koruyor, nested ActualText label’ları doğru şekilde verify ediliyor ve structure extraction sırasında source’a ait figure’lar ile complete table record’ları korunuyor.
• Notebook approval ve capture akışı sadeleştirildi: Hazır default runtime’lar artık double-prompt oluşturmuyor, mixed environment’lar doğru raporlanıyor ve package build metadata görünür kalıyor.

Yeni Özellikler​

• Shared service’ler için standalone Node backend eklendi. open-science start artık Electron olmadan çalışıyor ve desktop app native client olarak bağlanıyor.
• miRNA target’ları, RNA–RNA interaction’ları, regulatory evidence, reference table’ları ve bulk dataset’ler için 10 tool içeren ENCORI connector eklendi.
• ChEMBL connector’a assay detail’leri ve ilk 1.000 record sonrasında devam eden bioactivity pagination desteği eklendi.
• ClinVar connector’a submitter classification’larını karşılaştırmaya yönelik individual submission evidence eklendi.
• Home empty state’e guidance ve Create project action eklendi.

İyileştirmeler​

• Notebook environment’ları: Mixed Conda/pip capture daha doğru hâle getirildi, micromamba build metadata package table içinde korunuyor ve callback dependency’leri ile file-input lineage daha sağlam hâle getirildi.
• Linux credential işlemlerinde ilk secret operation sonrasında Secret Service backend tekrar probe edilmiyor; böylece gereksiz fatal recovery exit’ler engelleniyor.
• Session plan approval ve dismissal işlemlerinin execution recovery ile çakışması engellendi.
• GitHub release’lerine desktop installer’ların yanında standalone CLI archive’ları da eklendi: macOS ve Linux için arm64/x64, Windows için x64. Böylece CLI artık local Node.js toolchain gerektirmiyor.

Hata Düzeltmeleri​

• Desktop backend’ler artık boş bir port allocate ediyor; başka bir backend zaten çalışıyorsa oluşan startup failure düzeltildi.
• Windows Python discovery, space veya parantez içeren interpreter path’lerini artık yanlış yorumlamıyor.
• Desktop runtime, Windows’ta seçili backend profile’ını koruyor.
• Yeni bir project’e .science package import edilirken catalog adoption aşamasında oluşan hata düzeltildi.
• Smart collection’lar başarısız batch’i baştan başlatmak yerine resume edip retry ediyor.
• Codex, completed call içinde boş gelen streamed MCP tool argument’larını artık recover ediyor.
• Windows’ta Specialist değiştirildiğinde approved handoff’un pending kalıp sonraki prompt’ları block etmesi düzeltildi.
• PDB connector malformed search response’ları artık zero hit olarak raporlamak yerine reddediyor; incomplete pagination da finished olarak işaretlenmiyor.
• Auto mode, background run inspect/cancel, environment listesi, plan review veya skill import preview sırasında artık gereksiz tool approval istemiyor.
• Herhangi bir source çalışmadan önce fail olan Notebook cell’ler artık same-kernel risk history içinde kalıp sonraki cell’lerde tekrar tekrar approval istemiyor.
• Headless host’lar ve SDK consumer’lar Notebook runtime’ın bundled resource’larını yeniden doğru şekilde resolve ediyor: execution loop’ları, evidence capture ve source-analysis grammar’ları.

Sürüm: 0.36.0