Son kullanma tarihi geçmiş, bayatlamış bir tarayıcı kullanıyorsanız, Mercedes kullanmak yerine tosbağaya binmek gibi... Web sitelerini düzgün görüntüleyemiyorsanız eh, bi' zahmet tarayıcınızı güncelleyiniz. Modern Web standartlarını karşılayan bir tarayıcı alternatifine göz atın.
Pi, beşinci agent framework olarak eklendi. Claude Code, OpenCode, Codex ve CodeBuddy'nin yanında artık Pi agent ile de session çalıştırılabiliyor. Onboarding, ayarlar, bağlantı doğrulama ve desteklendiği durumlarda abonelikle oturum açma özellikleri bulunuyor.
DOI veya arXiv bağlantısından doğrudan referans ekleme desteği geldi. Literature Library'deki yeni "Add from DOI or link" seçeneğine DOI, DOI resolver bağlantısı veya arXiv abstract/PDF URL'si yapıştırılabiliyor. Çözümlenen metadata incelendikten sonra import dosyası hazırlamadan referans olarak kaydedilebiliyor.
Agent'lar artık PDF okunurken annotation oluşturabiliyor. Reading agent'ları, bağlantılı PDF'ler için Literature Library'deki mevcut Notes & Annotations bölümünde notları ve işaretlemeleri listeleyebiliyor, bulabiliyor ve oluşturabiliyor. Böylece "bu paragrafı işaretle ve neden önemli olduğunu özetle" gibi istekler gerçek annotation olarak kalıcı şekilde kaydediliyor.
Taranmış PDF'ler için isteğe bağlı OCR desteği eklendi. OCR artık uygulamayla birlikte gelen bir bileşen yerine gerektiğinde indirilebiliyor. İngilizce, Basitleştirilmiş ve Geleneksel Çince, Almanca, İspanyolca, Fransızca, Japonca, Korece ve Rusça olmak üzere dokuz dil için recognition verileri indirilebiliyor. Taranmış sayfalardan çıkarılan metin Literature Reading'de görüntüleniyor ve her sayfa için OCR kapsam göstergeleri sunuluyor. Yeni Özellikler
Araştırma case'lerinin bulunduğu Sharing marketplace artık Home ve conversation workspace üzerinden aranabiliyor. Kategori sekmeleri, keyword search ve case ayrıntılarından doğrudan indirme desteği eklendi. Marketplace ile bir proje arasında geçiş yapıldığında filtreler ve scroll konumu korunuyor. İyileştirmeler
Settings artık Europe PMC, Research Datasets, ChEA3, bioDBnet ve CTD scientific connector'larının her birini genel bir açıklama yerine ayrı ayrı açıklıyor.
Composer hata bildirimleri tek ve tutarlı bir yapıda birleştirildi. Provider, environment, input, session ve internal hataların her biri için anlaşılır bir kurtarma işlemi sunuluyor.
Bir artifact yayınlandığında veya geri yüklendiğinde en güncel yayınlanmış sürümünün öne getirilmesi sağlandı. Provenance panelindeki sürümler arasındaki ilişkiler de daha anlaşılır hâle getirildi.
OCR dili seçimi kaydetme işlemi sırasında da responsive kalıyor. Local model kartlarının durum ve işlem seçenekleri daha tutarlı hâle getirildi. Hata Düzeltmeleri
Windows notebook'larının ilk kullanımdan önce shell runtime'ını hazırlaması geri getirildi. Böylece yeni backend'lerde PowerShell erişimi yeniden çalışıyor.
Compaction stream'lerinin standart dışı message identity göndermesi durumunda OpenCode session'larının sonlanması engellendi.
Background task tamamlanma aşamasındayken follow-up soru gönderildiğinde yeni run'ın kaybolması sorunu düzeltildi.
Mihomo veya Clash gibi Fake-IP DNS modlarını kullanan sistemlerde full-text indirme desteği düzeltildi. Yerel DNS yanıtlarının tamamı placeholder olduğunda çözümleme işlemi yapılandırılmış proxy'ye bırakılıyor.
Pi tool activity artık genel input/output etiketleri yerine ortak Skill, Notebook ve literature arayüzüyle görüntüleniyor.
OCR bileşeninin indirilmesi takıldığında normal PDF okuma işlemlerinin mevcut timeout süresinden daha uzun süre engellenmesi önlendi.
Zotero kütüphanenizi içe aktarın: Literatür kütüphanesine Zotero'dan içe aktarma özelliği eklendi. Aynı bilgisayardaki Zotero 10 veya daha yeni bir sürümden kişisel kütüphanenin tamamı ya da seçili koleksiyonlar; bibliyografik meta veriler, PDF'ler, etiketler, koleksiyon hiyerarşileri ve kaynak bağlantılarıyla birlikte aktarılabiliyor. Mevcut referanslar eşleştiriliyor ve yinelenen kayıt oluşturulmuyor.
PDF okuma sırası artık otomatik: Bağlantılı bir PDF açıldığında belgenin üzerinde artık sürekli olarak okuma sırası kontrolleri gösterilmiyor. Metin çıkarma işlemi öncelikle dosyanın kendi mantıksal etiketlerini kullanıyor; etiketler eksik veya belirsiz olduğunda yerleşim analizine başvuruluyor. Manuel bölgeler içeren eski mesajlar da artık yeni otomatik okuma sırasını kullanıyor.
Windows kurulumu daha hızlı ve güvenli: Kurulum süresinin medyanı yaklaşık 21 saniyeden 14 saniyeye düşürüldü. Payload dosyalarının sayısı yaklaşık üçte bir oranında azaltıldı ve paralel çıkarma işlemi eklendi. Güncellemeler artık uygulamanın yanında saklanan araştırma verilerini silmiyor. Ayrıca derin klasör yollarına yapılan kurulumların kopyalama aşamasında başarısız olması düzeltildi.
Uzun süren işlemlerde artifact'ler korunuyor: Artifact yayımlama yeteneği, hâlen devam eden bir asistan turunda iki saat sonra artık sona ermiyor. Capabilities, açık olan turun tamamı boyunca geçerli kalıyor. Böylece gece boyunca çalışan veya uzun toplu işlemler gerçekleştiren oturumlar dosyalarını eskisi gibi yayımlayabiliyor. Yeni Özellikler
Literatür kütüphanesinde kişisel notlara göre arama desteği eklendi. Örneğin "bu yöntem verilerime uygun" şeklindeki bir not, normal arama kutusu üzerinden ilgili referansın bulunmasını sağlayabiliyor.
npx veya npm ile yapılandırılmış özel stdio connector'ları, bu komutların sistemde bulunmadığı bilgisayarlarda artık uygulamayla birlikte gelen Node ve npm runtime'ını kullanarak çalışabiliyor. Sistemde kurulu komutlara öncelik verilmeye devam ediyor. İyileştirmeler
Çevrilmiş PDF'ler artık daha hızlı açılıyor. Kaydedilmiş çevirilerin kaynak doğrulaması, ilk açılışta küçük gruplar hâlinde yapılan okumalarla eş zamanlı yürütülüyor. Ayrıca kullanılmayan yerel çeviri worker'ı kurulumdan kaldırılarak kurulum boyutu küçültüldü.
Slurm queue, controller ve accounting gözlemleri artık birbirinden bağımsız olarak çözümleniyor. Tamamlanmış işlerin sonuçları log toplamadan önce kalıcı hâle getiriliyor, iptal işlemleri tam olarak bir nihai sonuç döndürüyor ve Windows'taki kısa SSH komutlarının boşta bekleyen input pipe nedeniyle takılması önleniyor.
Conversation gönderme/sıraya alma/durdurma, izin onayları, literatür conversation seçimi, PDF işaretleme ve alan araçlarındaki split-button menüleri artık otomatik konumlandırma ve tersine çevrilebilir animasyonlara sahip tek bir bağlantılı panel kullanıyor. Ana düğme ile ok düğmesi birbirinden bağımsız olarak kullanılabiliyor.
Bildirilen güvenlik uyarıları, uyumlu bağımlılık güncellemeleri ve backtracking'e yatkın pattern matching yerine sınırlandırılmış ayrıştırma kullanılarak giderildi.
WSL kurulum yönergelerinde mirrored networking özelliğinin Windows 11 22H2 veya daha yeni bir sürüm gerektirdiği artık baştan belirtiliyor. Böylece Windows 10'un desteklemediği bir modun kullanılması önerilmiyor.
Etkileşimli kimlik bilgisi yetkilendirmesi artık kullanıcı onayı için beş dakikaya kadar bekliyor. Zaman aşımı durumunda bunun neden gerçekleştiği açıklanıyor ve sorun eksik bir anahtar varmış gibi gösterilmiyor. Hata Düzeltmeleri
Bir araç çağrısının adı ilk çıktı parçasından sonra geldiğinde OpenCode oturumlarının internal error ile sonlanması düzeltildi. 1.x compaction özetlerinin conversation ve geçmiş tekrar oynatımlarında görünmesi engellendi. Ayrıca büyük yapılandırmaların Windows'ta uygulamanın başlatılmasını engellemesi düzeltildi.
Windows başlangıcında binary payload alanları içeren cookie store'ların şifre çözme hatası nedeniyle başlangıç kontrolünü engellemesi düzeltildi.
Uygulamanın geçici dizininin yolunda boşluk bulunduğunda native Windows R oturumlarının çalışmaması düzeltildi.
Tüm büyük veri aktarım kanalları meşgulken bir session snapshot okuması geldiğinde Desktop penceresinin senkronizasyonunu kaybetmesi düzeltildi.
İlk mesaj gönderilmeden önce thinking durumunun ve geçen sürenin gösterilmesi düzeltildi. Hazırlık işlemi durdurulduğunda gönderilmemiş taslak artık geri yükleniyor.
İçe aktarılan oturumlardaki geçmiş gönderim hataları artık fork işleminin üzerinde güncel bir hata olarak gösterilmek yerine daraltılmış ve genişletilebilir geçmiş kayıtları olarak gösteriliyor.
DOCX önizleme araç çubuğu, yakınlaştırma düzeyinden bağımsız olarak kaydırma sırasında belge içeriğinin üzerinde kalmaya devam ediyor.
Bilimsel bağlayıcılar artık kaynakların yerel API'lerine doğrudan erişebiliyor. Europe PMC için açık sayfalandırmaya sahip doğrudan Boolean, çekirdek ve özet araması desteğinin yanı sıra HGNC gen meta verileri, ChEA3 zenginleştirme sıralamaları, bioDBnet dönüşümleri ve ortoloji, Cellosaurus RDF bilgi grafiği sorguları, STR benzerliği ve NHANES, PhysioNet, openFDA ile CTD için resmî dosya keşfi eklendi. Tüm bu özellikler isteğe bağlı olarak kullanılıyor ve belirsiz indirmeler yerine kaynak bilgisiyle birlikte resmî URL'leri döndürüyor. Gönderilen arama terimleri, gen adları ve DOI'ler gibi sorgular ve tanımlayıcılar ilgili kamu hizmetlerine iletiliyor. Erişimi kısıtlı kaynaklarda yalnızca resmî erişim talimatları gösteriliyor ve uygulama kullanıcının erişim yetkisine sahip olduğunu varsaymıyor.
Literatür kütüphanesine okuma ilerlemesi takibi eklendi. Kaynaklar Okunmadı, Okunuyor veya Okuma Tamamlandı olarak işaretlenebiliyor. Durum özel bir sütunda gösteriliyor, satır içinden veya ayrıntılar sayfasından düzenlenebiliyor, birden fazla sayfa ve hariç tutulan öğeler genelinde toplu olarak güncellenebiliyor ve tutarlı sayımlar ile seçim kapsamı kullanılarak kütüphane filtrelenebiliyor.
Oturum paketleri artık tarayıcıda kullanılabiliyor. Yerel Web dağıtımlarında .science paketleri doğrudan indirilebiliyor ve dosya yükleme seçicisi üzerinden içe aktarılabiliyor. Böylece tamamen tarayıcı üzerinden çalışırken CLI'a geri dönmek gerekmiyor. Dışa aktarılan paket; seçilen konuşmaları, dosyaları, notebook kayıtlarını ve kaynak bilgilerini içeriyor. Tarayıcı üzerinden yapılan aktarımlar, tarayıcı ile kullanıcının kendi yerel hizmeti arasında gerçekleşiyor.
Hizmet yaşam döngüsü artık kullanıcının tercihine göre yönetiliyor. Uygulamayı açık tutmak veya open-science start komutunu çalıştırmak yerel hizmetin çalışmaya devam etmesini sağlıyor. Tek bir pencerenin kapatılması artık hizmeti veya ilgisiz arka plan işlemlerini durdurmuyor. Normal stop komutu kullanıcının hizmeti açık tutma isteğini kaldırırken stop --force tüm hizmetin kapatılmasını talep ediyor. Hizmeti açık tutma durumu etkinken hizmet ve arka plan işlemleri bu durum kaldırılana veya zorla kapatma uygulanana kadar çalışmaya devam ediyor. Yeni Özellikler
Ana sayfaya kullanım senaryoları galerisi eklendi. Yayımlanmış örnekler incelenebiliyor, ayrıntıları açılabiliyor ve doğrulanmış bir oturum paketi indirme ilerlemesi ve iptal desteğiyle içe aktarılabiliyor.
Manuel güncelleme seçenekleri eklendi. Ayarlar ve güncelleme ekranlarında kalıcı indirme ve talimat bağlantılarının yanı sıra doğrulanmış yükleyiciyi gösteren salt okunur bir komut sunuluyor.
Ayarlar → Hakkında bölümüne projenin güvenlik politikası bağlantısı eklendi.
Yetkilendirilmiş dizinler artık ham JSON yerine okuma/yazma rozetleri ve erişim izninin verilme zamanını gösteren araç ipuçlarıyla birlikte kompakt bir klasör listesi olarak görüntüleniyor. İyileştirmeler
DOCX raporlarında oluşturma ve önizleme sırasında amaçlanan tablo stilleri, kenarlıklar ve sayfa düzeninin korunması sağlandı. Ayrıca gerektiğinde kullanılabilen, bakımı sürdürülen ve şablon tabanlı bir Markdown'dan DOCX'e dönüştürme iş akışı eklendi.
Yayın kontrolü sonuçlarında Crossref kaynak bilgisi ve son kontrol zamanıyla birlikte tek ve kısa bir işlem gösteriliyor.
Kaynak ayrıntılarında etiketler ve tür bilgisi başlıkta birleştirildi ve tekrarlayan açıklamalar kaldırıldı.
İçe aktarılan oturum paketi ve yeniden oynatma ekranlarındaki gereksiz tanılama bilgileri kaldırıldı ve işlemlere tutarlı, görünür sınırlar eklendi.
Windows'ta yönetilen R ortamında Bioconductor paketleri istendiğinde genel bir Conda hatası vermek yerine kullanılması gereken açık BiocManager yöntemi açıklanıyor. Hata Düzeltmeleri
Tam erişimli oturumlarda herkese açık ağ hedeflerine onay istemleri olmadan erişilebilmesi sağlandı. Tam erişim seviyesi düşürüldüğünde mevcut bağlantılar kapatılıyor.
Onay iletişim kutularından verilen genel alan adı izinlerinin Ayarlar → Ağ bölümüne anında yansıtılması sağlandı.
OpenCode 2.x çalışma zamanlarının yeniden başlatılıp kullanılabilmesi sağlandı. 1.x sürümlerine yönelik mevcut yol korunmaya devam ediyor.
macOS'ta notebook'ların, Node çalışma zamanı uygulamanın devraldığı PATH dışında bulunan CLI araçlarını bulabilmesi sağlandı.
Windows'ta sohbetlerin sağlayıcı isteği başlatılmadan önce koruma yapılandırmasını beklemesine neden olan sorun düzeltildi.
Notebook'ların uygulama tarafından yönetilen skill referans dosyalarını klasör erişim izni istemeden okuyabilmesi sağlandı.
Araç grupları daraltıldığında kullanıcının mevcut okuma konumunun korunması sağlandı.
Geniş Markdown tablolarındaki kaydırma çubuğunun fareyle üzerine gelindiğinde veya klavye odağı alındığında görünmesi sağlandı.
İndirme boyutları önemli ölçüde küçültüldü. Kullanılmayan oluşturulmuş bileşenlerin kaldırılması, çeviri worker'ının kompakt çalışma zamanıyla paketlenmesi, tek bir paketlenmiş ortam yöneticisinin kullanılması ve kullanılmayan alternatif dağıtımların kaldırılması sayesinde CLI ve masaüstü çalışma zamanı paketlerinin boyutu azaltıldı. Aktif çalışma zamanı dosyaları veya tanılama araçları kaldırılmadı.
Bağımsız CLI artık MCP desteğine sahip. Araştırma araçları, harici MCP istemcileri için yerel bir MCP sunucusu üzerinden kullanıma sunuluyor ve seçilen profilin mevcut izinlerini kullanıyor. Bu yapı ayrı bir sandbox veya salt okunur görünüm olmadığından bağlı istemciler kalıcı değişiklikler yapabilir veya model kullanım maliyetlerine neden olabilir. Profil hizmetinin önceden çalışıyor ve kimliği doğrulanmış olması gerekiyor. Hizmet open-science start ile başlatıldıktan sonra istemciler open-science mcp üzerinden bağlanabiliyor. MCP adaptörü hizmeti kendisi başlatmıyor.
Uzun konuşmaların okunabilirliği iyileştirildi. Bir konuşma sırası tamamlandıktan sonra ara mesajlar otomatik olarak daraltılırken çalışan, bekleyen veya kesintiye uğramış işlemler görünür kalıyor. Araç etkinlikleri özetler hâlinde gruplandırılıyor. Arama, açıklamalar ve yerel bul özelliği gerektiğinde gizlenen içeriği tekrar gösterebiliyor.
Literatür kaynaklarına bütünlük kontrolleri eklendi. DOI içeren kaynaklar, geri çekme ve düzeltme durumları açısından isteğe bağlı olarak Crossref üzerinden kontrol edilebiliyor. Sonuçlar ve kontrol zamanları ilgili kaynağa kaydediliyor. Kontrol sırasında DOI Crossref'e gönderiliyor ve Crossref kapsamı eksiksiz olmadığından herhangi bir bildirim bulunmaması, kaynağın kesin olarak etkilenmediği anlamına gelmiyor. Yeni Özellikler
Bağımsız CLI'daki araştırma araçları, harici araç istemcileri için yerel bir MCP sunucusu üzerinden kullanıma sunuldu.
Soru kartlarına sabit ve öngörülebilir kontroller kullanan yapılandırılmış atlama eylemleri eklendi.
Literatür kaynaklarına Crossref üzerinden kaynak bazında geri çekme ve düzeltme kontrolü yapma desteği eklendi. Kontroller manuel olarak başlatılıyor ve yalnızca geçerli DOI içeren kaynaklarda kullanılabiliyor.
Kullanıcının erişim izni verdiği klasörlerden artifact içe aktarma desteği eklendi. Uygulama izin verilen dosyayı okuyarak yönetilen artifact depolama alanında kalıcı ve değiştirilemez bir kopyasını saklıyor.
GitHub Skills içe aktarma iş akışına depoları daha sonra yeniden kullanmak üzere kaydetme desteği eklendi.
Konuşma dökümlerindeki ara mesajlar, konuşma sırası tamamlandıktan sonra otomatik olarak daraltılıyor. Klavye üzerinden görünürlüğü değiştirme desteğinin yanı sıra arama, açıklamalar ve yerel bul özelliğiyle içeriğin tamamı yeniden görüntülenebiliyor.
Konuşma dökümündeki araç etkinlikleri gruplar hâlinde daraltılıyor ve çalışmakta olan araçlar işlem sırasında özetleniyor. İyileştirmeler
Kullanılmayan çalışma zamanı bileşenlerinin kaldırılması, kompakt paketlenmiş çeviri worker'ı ve tek bir paketlenmiş ortam yöneticisi sayesinde tüm platformlarda CLI ve masaüstü indirme boyutları küçültüldü. Hata Düzeltmeleri
Windows'ta standart notebook çalıştırma işlevi yeniden kullanılabilir hâle getirildi.
Tokenizer'ın hafif çalışma zamanı yeniden paketlenmiş sürümlere dâhil edildi.
Oturum paketini dışa aktarırken kayıt konumu seçildikten sonra işlemin seçim adımında beklemeye devam etmesi sorunu düzeltildi.
Ayarlardaki klasör erişim iletişim kutusu ile temizleme işleminin aynı anda çalışmasından kaynaklanan yarış durumu giderildi.
Kullanıcıdan yanıt isteyen seçim ekranlarının, devam işlemi başarısız olduğunda döngüye girmesi engellendi.
Yeniden oynatma sırasında otomatik sonuçların belirsiz mesajlar yerine sistem olayları olarak gösterilmesi sağlandı.
Görüntüleme, biyolojik yolaklar, lipitler, yapılar ve kanser modellerini kapsayan yedi yeni Scientific Connector aracı eklendi. Yeni araçlar; The Cancer Imaging Archive (TCIA) görüntüleme koleksiyonlarına ve KEGG yolak sorgularına (her ikisi de isteğe bağlı), OmniPath moleküler düzenleme verilerine, LIPID MAPS üzerinden tam bileşik aramasına, UniChem eşleştirmeleriyle PDBe yapı doğrulamasına, DepMap ve CCLE kanser hücre hattı sorgularına ve PDB yapı benzerliği aramasına erişim sağlıyor. Araç keşfi varsayılan olarak kapalı ve her kaynak için isteğe bağlı erişim tercihleri kalıcı olarak saklanıyor.
Literatür kütüphanesi kapsamlı bir araştırma gelen kutusuna dönüşüyor. Semantic Scholar üzerinden atıf keşfiyle makalelerin kaynakları ve kendilerine atıfta bulunan çalışmalar görüntülenebiliyor. Birden fazla kaynaktan ek dosyalar indirme ilerlemesi ve önizlemelerle birlikte alınabiliyor; Word belgeleri de destekleniyor. PDF ve kaynakça dosyaları sürükle-bırak yöntemiyle içe aktarılabiliyor. Smart Screening sonuçları, elektronik tablolarda kullanılmaya hazır CSV dosyası olarak dışa aktarılabiliyor.
Oturum paketleri artık her yerden kullanılabiliyor. .science dışa aktarma ve içe aktarma işlemleri artık yalnızca masaüstü uygulamasında değil, başsız CLI ve yerel Web oturumlarında da çalışıyor.
Çevrilmiş PDF'lere isteğe bağlı içerik odaklı düzen, not defterlerine ise klasör erişim kısıtlamaları eklendi. Çevrilmiş sürümlerde gövde metni ve açıklamalar, görseller, tablolar, formüller ve kaynakça özgün hâllerinde korunurken tek sütunlu sayfalara yeniden akıtılabiliyor. Karşılaştırma için kaynak ve çıktı sayfaları arasında eşleştirmeler sunuluyor. Varsayılan olarak etkin olan not defteri klasör kısıtlamaları, not defteri ve kabuk yürütmesini izin verilen klasörlerle sınırlandırıyor.
Windows, sandbox, oturum kurtarma ve PDF güvenilirliği alanlarında kapsamlı düzeltmeler yapıldı. open-science protokolü Windows'ta yeniden doğru şekilde kaydediliyor, sandbox ağ izinleri yeniden başlatmalar arasında korunuyor, oturum kurtarma model hatalarına dayanıklı hâle geliyor ve bozuk konuşma dosyalarını silebiliyor. PDF yapı analizi de kırpılmış metinleri ve satır kayması yaşayan şekil referanslarını hariç tutuyor.
Yeni Özellikler
İsteğe bağlı TCIA (kanser görüntüleme koleksiyonları) ve KEGG (biyolojik yolaklar ve ilaçlar) bağlayıcı araçları eklendi.
OmniPath üzerinden moleküler düzenleme ve sinyal etkileşimleri sorgulanabiliyor.
LIPID MAPS üzerinde tanımlayıcı veya ad kullanılarak tam eşleşmeli bileşik araması yapılabiliyor.
UniChem eşleştirmeleriyle bağlantılı kimyasal veri tabanlarına erişim sağlayan PDBe yapı doğrulaması eklendi.
Hücre hattı bağımlılık verileri için DepMap ve CCLE kanser modeli sorguları eklendi.
Bir yapı tanımlayıcısından başlayarak PDB yapı benzerliği araması yapılabiliyor.
Literature bölümüne, daha yüksek istek sınırları için isteğe bağlı API anahtarı desteğiyle Semantic Scholar atıf keşfi eklendi.
Dosya başına indirme ilerlemesi, seçilen dosyaları arşivden çıkarma ve Word belgeleri dâhil dosya türüne göre önizlemeler sunan çok kaynaklı ek dosya desteği eklendi.
Literature kütüphanesine PDF ve kaynakça dosyaları sürükle-bırak yöntemiyle aktarılabiliyor. Ayrıca referans ayrıntıları görünümünden ek dosyalar indirilebiliyor.
Smart Screening sonuçları; tüm adayları, nihai kararları, manuel değerlendirmeleri, gerekçeleri ve model olasılıklarını içeren CSV dosyası olarak dışa aktarılabiliyor.
.science oturum paketleri başsız CLI ve yerel Web oturumlarından dışa ve içe aktarılabiliyor.
Çevrilmiş PDF'ler için varsayılan olarak kapalı olan ve her çeviri sürümü için tercihi hatırlanan içerik odaklı düzen seçeneği eklendi.
Yeni kurulumlarda varsayılan olarak etkin olan not defteri klasör erişim kısıtlamaları eklendi. Not defteri ve kabuk yürütmesi yalnızca izin verilen klasörlerle sınırlandırılıyor.
Yerel dosya araçları, izin verilen dizinleri gerektiğinde listeleyebiliyor. Böylece ajanlar yeniden izin istemek yerine mevcut klasör izinlerinden yararlanabiliyor.
Kimi K3.1 Pro sağlayıcı modelleri seçilebilir hâle geldi.
İyileştirmeler
Oturum paketi aktarımında varsayılan olarak daha fazla veri taşınıyor. İçe aktarma sırasında tekrarlanan doğrulama aşamaları atlanarak büyük arşivlerin daha hızlı tamamlanması sağlanıyor.
Büyük belgelerde PDF açıklama ekleme ve yapı analizi hızlandırıldı.
Uzman değiştirildiğinde yeni uzmanın yüklenmesi sırasında ilerleme durumu gösteriliyor.
Ayarlar düzenleyicileri kaydetme sırasında giriş alanlarını kilitliyor. Ayrıca Memory, Tags ve kimlik bilgileri ekranlarındaki kaydedilmemiş taslakların korunması iyileştirildi.
Hata Düzeltmeleri
Windows: open-science protokol kaydı geri getirildi, geliştirme ortamlarında not defteri sunucusunun başlangıçtan önce yeniden derlenmesi sağlandı ve oturum paketlerinin içeriği Windows'ta doğru şekilde yeniden hash'leniyor.
Oturum kurtarma artık model hatalarına dayanıklı. Bozuk konuşma dosyaları kurtarma işlemini engellemek yerine silinebiliyor.
Uzman değiştirme işlemi, belirli sağlayıcı reddetmelerinden sonra konuşmayı kaybetmeden devam edebiliyor. Yetenek hataları ile kullanılamayan binding'ler birbirinden ayrılıyor.
Mesaj yazma alanının durdurma ve sıraya alınmış gönderim durumları arasında doğru geçiş yapması sağlandı.
Oturum paketlerinde araştırma kodunun kimlik bilgileriyle ilgili yanlış pozitif sonuçlara neden olması engellendi. Hassas içerik uyarısı onaylandıktan sonra dışa aktarma işleminin doğru şekilde devam etmesi sağlandı.
Not defteri ağ sandbox'ı: İzinler yeniden başlatmalar arasında korunuyor; joker karakter kuralları ve URL girişi kabul ediliyor; yerel proxy yönlendirmesi etkinleştiriliyor. Dosya sistemi ve proxy sınırlarının uygulanması güvence altına alındı.
Not defteri analizinde zincirleme bilimsel işlemler arasındaki veri kökeni korunuyor. Kabuk işlemlerinin imzalı çıkış kodları kaybolmuyor, koruma kontrolleri oturum başlangıcını yavaşlatmıyor ve kabuk aramaları dosya sistemi sandbox'ının dışına çıkmıyor.
PDF işlemlerinde kırpılmış metinler ve satır kayması yaşayan şekil referansları yapı analizinin dışında tutuluyor. Şekil, tablo ve okuyucu sahipliği daha güvenilir hâle getirildi; tek sayfalık önizlemeler sadeleştirildi.
Masaüstü kurtarma sürecindeki yeniden üretilebilen başlık, yeniden deneme ve koruma hataları giderildi.
Claude abonelik kontrolü için kullanılan argümanların ayarlarda korunması sağlandı.
Çalışma zamanı süreç temizliğinde ilgisiz hizmetlerin etkilenmesi engellendi.
Tarayıcı içe aktarma işlemlerinde askıya alma sonrasında yeniden deneme durumunun korunması sağlandı.
Beş yeni Scientific Connector ve daha gelişmiş GDC ile Ensembl desteği: Catalog artık HGNC gene nomenclature, PubTator 3 literature annotation’ları, DGIdb drug-gene interaction’ları, RNAcentral non-coding RNA kayıtları ve yeni Orphadata rare-disease connector’ını içeriyor. Orphadata default olarak kapalı ve Specialist veya Main için ayrı ayrı etkinleştirilebiliyor. GDC file ve case search’leri artık sample, aliquot ve tumor/normal workflow metadata’sını taşıyor; böylece farklı biospecimen’lardan gelen sonuçlar aynı case altında karıştırılmıyor. Ensembl VEP tool’u ise artık manuel olarak coordinate’e dönüştürmeye gerek kalmadan HGVS variant notation’ını doğrudan kabul ediyor.
Answer card’lar kaç cevap seçilebileceğini artık doğru gösteriyor: Choice question’larda her zaman birden fazla seçim yapılabileceği izlenimi vermek yerine Single select veya Multi select label’ı doğru şekilde gösteriliyor. Bir group içerisindeki cevaplanmış her question, ortak bir count altında collapse edilmek yerine kendi tam text’i ve answer’ıyla gösteriliyor. Geçmiş bir answer genişletildiğinde tüm option listesi görüntüleniyor.
Session package dialog’ları artık yer değiştirmiyor:.science import/export dialog’u step ve counter’lar değiştikçe yeniden boyutlanıp konum değiştirmiyor. Sabit konumunu koruyor ve content’e göre boyutlandırılıyor.
Büyük project’lerde daha hızlı session loading: Çok fazla history içeren session’lar açılırken clean reload durumunda gereksiz consistency scan’leri atlanıyor ve maliyetli lookup işlemleri cache’leniyor. Böylece hydration ve startup süresi azaltılıyor. Unclean shutdown sonrasında çalışan recovery check’leri ise korunuyor.
Bundled Node runtime için security patch’leri ve CLI’ın ilk npm release’i: Desktop ve standalone CLI build’leri artık Node 22.23.4 ve güncellenmiş Undici network library ile geliyor. Böylece Ekim ayındaki Node.js security advisory’leri gideriliyor. Standalone CLI ve Task SDK artık mevcut Homebrew tap’in yanı sıra aşağıdaki komutla npm üzerinden de kurulabiliyor:
Kod:
npm install --global @aipoch/open-science
Yeni Özellikler
CLI’a çalışan bir service gerektirmeden installed app version’ını, command help’i ve configuration directory konumlarını gösteren local version, help ve paths command’ları eklendi.
Beş yeni Scientific Connector eklendi: HGNC gene nomenclature, PubTator 3 literature annotation’ları, DGIdb drug-gene interaction’ları, RNAcentral RNA kayıtları ve Orphadata rare-disease association’ları. Orphadata default olarak kapalı geliyor.
GDC file ve case search’leri artık case, sample type ve analysis workflow’a göre filter uygulanmasını destekliyor. Summary’lerde ilişkili sample, aliquot ve workflow metadata’sı da gösteriliyor.
Ensembl VEP connector tool’u artık variant ID ve genomic coordinate’lerin yanında HGVS notation’ını da doğrudan kabul ediyor. Örneğin transcript coding change doğrudan girilebiliyor.
Artifact’ları @ ile mention etme özelliği artık yalnızca local desktop app’te değil, remote web chat client’larında da çalışıyor.
İyileştirmeler
Subscription model kullanan Codex session’larında artık model’in gerçek context-window size’ı uygulanıyor. Raporlanan usage da şişirilmiş default değer yerine Codex’in gerçek capacity’sini yansıtıyor.
Folder access ve folder-grant error dialog’ları artık tüm failure’ları generic bir message’a dönüştürmek yerine spesifik ve translated error message’ı koruyor. Error gösterildikten sonra action button’larının kesilmesi de önlendi.
Diagnostic export sonuçları artık scrolling file list tarafından aşağı itilmek yerine sabit bir alanda görünür kalıyor. Partial export’lar tam başarı gibi gösterilmek yerine warning olarak belirtiliyor.
Aynı anda 257 veya daha fazla installed Skill import edildiğinde işlemin tamamen başarısız olması önlendi. Büyük selection’lar artık batch’ler hâlinde gönderiliyor.
Adı reserved prefix ile başlayan external Skill’ler artık catalog’dan sessizce filter edilmek yerine güvenli bir local name ile import ediliyor.
Message composer üzerine folder bırakıldığında artık folder’ın stage edilip anlaşılması zor bir error vermesi yerine, içerisindeki file’ların seçilmesi gerektiğini belirten açık bir notice gösteriliyor.
Draft ve devam eden işler daha iyi korunuyor. Connector ve Compute settings form’ları artık stale completion nedeniyle kaydedilmemiş input’ları kaybetmiyor. Queued-message error’ları undo option’ıyla birlikte gösteriliyor ve unsent message’lar varken app’ten çıkılmadan veya reload yapılmadan önce warning veriliyor.
Başka bir conversation’a gönderilen message hâlâ gönderilirken conversation değiştirmek artık view’ın tekrar o conversation’a dönmesine neden olmuyor.
Hata Düzeltmeleri
Süresi dolmuş veya geçersiz model/connector credential’ları artık raw authentication error yerine spesifik bir recovery path gösteriyor. Composer yalnızca recovery gerçekten gerektiğinde devre dışı bırakılıyor; böylece draft ve devam eden reply’ların kaybolması önleniyor.
Kaydedilmeden önce başarısız olan durable question veya tamamlanmış bir turn’den pending kalan question’ın composer’ı stale question card arkasında gizlemesi düzeltildi. Her iki durumda da question doğru şekilde çözümleniyor ve composer geri geliyor.
Aynı ada sahip child collection bulunan bir Literature collection silinirken hatalı name conflict bildirilmesi ve deletion’ın engellenmesi düzeltildi.
DOCX preview’larda numbered list counter’larının document ortasında yeniden başlaması düzeltildi. Table border’ları artık desktop document editor’larıyla daha tutarlı render ediliyor.
PDF reading sırasında figure crop’ları, caption’lar ve table structure daha doğru korunuyor. Reader mode content’i de karmaşık scientific PDF’lerde daha doğru classify edilip layout’a yerleştiriliyor.
Session package (.science) güvenilirliği iyileştirildi: Partial olarak commit edilmiş bir import tekrar denendiğinde duplicate session oluşturulması önlendi. Import edilmiş session’ın title’ını düzenlemenin read-only guard tarafından reddedilmesi düzeltildi. Archive içerisindeki duplicate execution evidence artık her reference için ayrı ayrı kopyalanmak yerine disk üzerinde paylaşılıyor. Export failure’larda generic disk-space message yerine spesifik diagnosis korunuyor.
Notebook dependency ve file lineage tracking, hem Python hem de R analysis cell’lerinde chained CSV read, transform ve export işlemlerinde daha doğru hâle getirildi.
Büyük bir artifact finalization işlemi transaction sırasında timeout olduğunda, underlying write zaten commit edilmişse artık hatalı şekilde failure olarak raporlanmıyor.
Built-in MiniMax M3.1 connector’ın Codex üzerinden kullanıldığında başarısız olması düzeltildi.
Codex initialization failure’larında artık yalnızca generic cleanup warning yerine gerçek startup error diagnostics içerisinde korunuyor.
Local connection düşerken app’ten çıkıldığında işlemin takılması veya iki çelişkili error dialog gösterilmesi düzeltildi.
Storage migration sonrasında recovery edilen bir session’ın başarıyla resume edilmesine rağmen busy durumda takılı kalması düzeltildi. Retry’lar artık doğru şekilde kabul ediliyor.
Zararsız ve partial olarak yazılmış bir SQLite journal file’ın corrupted olarak algılanması nedeniyle app’in nadiren launch edilememesi düzeltildi. File artık doğru şekilde tanınıyor ve startup devam ediyor.
Database commit sırasında app’ten çıkmanın clean shutdown’ı engellemesi düzeltildi.
Windows’ta locked durumdaki workspace network-sandbox permission file’ın takılı kalması ve recovery edilememesi düzeltildi. Permission state artık cleanup tamamlanana kadar korunuyor.
.science package’larını doğrudan browser’dan import edin. Bir download page artık research package’ını tek tıkla desktop app’e aktarabiliyor. App package’ı otomatik olarak alıp doğruluyor; ardından nereye aktarılacağını seçip import işlemini onaylayabiliyorsunuz. Hem cold start hem de zaten çalışan app destekleniyor. Başarısız transfer’larda ne olduğu yapılandırılmış ve çözüm odaklı error’larla bildiriliyor.
Özellikle Windows’ta daha takip edilebilir ve güvenilir update süreci. Download, hazırlık ve installation preparation aşamaları artık birbirinin yerine açılan dialog’lar yerine, release note’ların bağımsız olarak scroll edilebildiği tek bir dialog’da gösteriliyor. Windows update sürecinde installer artık ayrı bir progress process’i tarafından kopyalanmıyor, Explorer üzerinden başlatılan sonraki process’lerin ownership’i korunuyor ve her update’te binlerce file’ın yeniden kopyalanması önleniyor. App kapatılırken notebook cleanup işleminin tamamlanması bekleniyor ve cold start sırasında app henüz hazır değilken network failure bildirilmesi engellendi.
MCP OAuth credential yönetimi için güvenlik düzeltmeleri. Kaydedilen OAuth credential’ları artık kullanılmadan önce verildikleri authorization server ile eşleştiriliyor. Ayrıca güncel third-party security patch’leri dahil edildi.
Sizden işlem bekleyen session’lar artık her zaman bekliyor olarak gösteriliyor. Approval veya yanıtınızı bekleyen bir session artık Home, sidebar, workspace action’ları veya conversation header’da tekrar kısa süreliğine Running durumuna dönmüyor. Bu durum app reload ve canlı runtime update’leri sonrasında da korunuyor.
Yeni Özellikler
PDC connector artık en güncel study version veya belirli bir version için demographics, diagnoses, tumor bilgileri ve sample reference’ları dahil olmak üzere public case-level clinical metadata’yı alabiliyor.
Skill selection artık yalnızca metni değil, mevcut mesajınıza eklenen image’ları da dikkate alabiliyor.
1M-token context ve multimodal input desteğine sahip MiniMax M3.1 Flash, her iki MiniMax region’ında da kullanıma sunuldu.
Workspace sidebar’daki bir session’a çift tıklayarak action menu’ye gitmeden doğrudan session editor açılabiliyor.
İyileştirmeler
Standalone web workspace’te gerekli notebook ve compute API’leri kullanılabilir olduğunda Compute artık devre dışı kalmak yerine etkinleştiriliyor.
Settings yeniden General bölümünde açılıyor. Provider selector’ları save işlemi devam ederken kendilerini devre dışı bırakıyor.
Windows startup credential validation artık sessizce başarısız olmak yerine diagnostic bilgileri gösteriyor.
Popover yüzeyleri artık aktif theme renkleriyle uyumlu.
Hata Düzeltmeleri
Provider-native bir question yanıt beklerken app’in kapatılması artık question’ı kalıcı olarak iptal etmiyor. App yeniden açıldığında question hâlâ yanıtlanabiliyor.
Yeni mesajı kaydedilirken bir conversation’ın durdurulması durumunda, durdurulan mesajın provider’a ulaşması engellendi.
Session sırasında agent runtime’ın yeniden oluşturulması durumunda yeni skill activity’lerinin geçmiş activity’lerle çakışması engellendi. Bu çakışma daha önce turn settlement’ı ve sonraki mesajları engelleyebiliyordu.
Startup recovery’nin retry yetkisini koruması sağlandı, kurtarılan library view’ların refresh edilmesi düzeltildi ve recovery dialog’larının üst üste açılması engellendi.
Save işlemi beklerken yapılan memory edit’leri artık kaybolmuyor. Tamamlanmış notebook run’larının restart sonrasında yanlışlıkla interrupted olarak gösterilmesi de düzeltildi.
Bir subagent seçili olsa bile manuel terminal command’ları Main Agent görünümünde gösterilmeye devam ediyor.
PDF okuma geliştirildi: İki sütunlu metinler doğru sırada kalıyor, figure ve table’lar doğru element ile ilişkilendiriliyor, çevrilmiş reader layout’ları doğru render ediliyor ve PDF search kapsamı eksik olduğunda kullanıcı bilgilendiriliyor.
Literature: Kaydedilmiş tool card’ları mevcut library state’e göre refresh ediliyor, table fullscreen görünümünde doğru source kullanılıyor ve save status güvenilir şekilde güncelleniyor.
Session package import: Package’lar project home üzerine sürüklenip bırakılabiliyor, import check ve progress bilgileri daha anlaşılır gösteriliyor ve nested dialog’ların scroll davranışı düzeltildi.
Bir skill’in body’sini düzenlemek artık ayrıca düzenlenmiş name veya description alanlarının üzerine yazmıyor. Antibody search’ler de yapılandırılmış result limit’lerine uyuyor.
Automated review artık devam etmeden önce MCP server’ların hazır olmasını bekliyor ve yönlendirilmiş authentication’ı doğruluyor.
Save as Skill persistence artık yalnızca oluşturulduğu session ile sınırlandırılıyor.
Çok sayıda review içeren session’ların review history’si yeniden yüklenebiliyor. Daha önce tüm history transport limit’ini aşarak review panel’ını engelleyebiliyordu; individual review log’ları artık gerektiğinde açılıyor.
Windows installer, tüm language environment’larında silent ve assisted installation işlemlerini güvenilir şekilde tamamlıyor.
Mobile session editing’de çift tıklama davranışı korunuyor.
AIPOCH Open-Science, açık kaynaklı ve local-first çalışan bir AI research workbench’tir. Version 1.0; literature, scientific data, agent-assisted analysis, inspectable result’lar ve portable research record’ları macOS, Windows ve Linux için tek bir workspace içinde bir araya getiriyor.
Araştırma Yetenekleri
Project ve conversation yönetimi: Research work’leri project ve session’lar altında organize edebilir, message branch ve side chat’leri inceleyebilir, farklı bir research path’i sürdürmek için session fork edebilir; plan, clarification question, tool activity ve notification’ları takip edebilirsiniz.
Model ve agent’lar: Claude Code, OpenCode, Codex veya CodeBuddy seçilebilir. Compatible cloud provider’lar, custom endpoint’ler veya desteklenen Claude/Codex subscription login’leri bağlanabilir. Model ve reasoning setting’leri yapılandırılabilir, usage incelenebilir ve gerektiğinde project memory etkinleştirilebilir.
Skill, specialist ve connector’lar: Research skill ve specialist’ler marketplace’lerinden kurulup güncellenebilir. Kendi skill/specialist’lerinizi oluşturabilir veya import edebilir, işleri specialist’lere delegate edebilir ve built-in connector’lar ya da scoped permission kullanan custom MCP server’lar üzerinden scientific resource’lara erişebilirsiniz.
Python, R ve compute: Persistent Notebook environment’larda code çalıştırabilir, variable ve execution history inceleyebilir, package yönetebilir ve .ipynb export edebilirsiniz. Background work local çalıştırılabilir veya configured SSH host ve Slurm cluster’lar kullanılabilir; cancellation, recovery ve result collection desteklenir.
Literature ve PDF’ler: Reference, collection, tag, note ve duplicate’lar yönetilebilir; open-access full text bulunabilir; paper’lar research criteria’ya göre screen edilebilir; PDF’ler okunup annotate edilebilir ve figure/table extraction yapılabilir. Source’lar conversation içinde kullanılabilir, bibliography oluşturulabilir ve BibTeX/RIS export edilebilir.
File ve artifact’lar: Scientific table, sequence, molecular structure, PDF, Office document, image ve code preview edilebilir. Desteklenen text format’ları edit edilebilir. Captured code, input, execution history ve environment evidence ile immutable artifact version’ları korunur.
Review ve verification: Agent turn ve mevcut evidence için optional review etkinleştirilebilir. Desktop app’te complete recipe ve usable runtime bulunan uygun artifact version’ları yeniden çalıştırılabilir, output’lar karşılaştırılabilir ve verification record ile compatible captured environment bundle export edilebilir.
Research exchange: Seçili conversation branch’leri, file’lar, Notebook record’ları ve verification evidence .science package olarak export edilebilir. Package read-only inspection ve recorded-step replay için import edilebilir; içeriği üzerine discussion yapılabilir veya follow-up research için writable copy oluşturulabilir. Artifact provenance, RO-Crate olarak export edilebilir.
Linux command line sürümü artık mevcut archive’lara ek olarak standalone .deb ve .rpm package olarak da dağıtılıyor.
Settings içindeki Help Center link’leri ve search, interface’in geri kalanıyla birlikte localized durumda.
İyileştirmeler
Web surface, yoğun agent activity sırasında responsive kalıyor. Event burst’leri shared send queue ile sınırlandırılıyor ve runtime event batch’leri encoded size’a göre cap’leniyor.
Redirect edilen backend log’ları compact ediliyor; böylece diagnostic folder’lar daha küçük kalıyor.
PDF fidelity geri getirildi: Structure extraction artık caption ve legend’leriyle birlikte complete figure’ları koruyor, formula yakınındaki ruled table’ları yanlışlıkla reddetmeden reconstruct ediyor ve figure region, table record ve source-proven text ownership’ını native şekilde muhafaza ediyor.
Windows deneyimi daha sessiz ve daha sağlam: Desktop CLI, non-ASCII installation path’lerde artık çalışıyor. PDF translation Windows drive path’lerini doğru işliyor. Notebook kernel ve environment capture işlemleri artık console window açmıyor.
İyileştirmeler
Desktop installer ve standalone runtime’dan kullanılmayan payload’lar kaldırıldı: duplicate bundled dependency’ler, kullanılmayan model-runtime ve tokenizer asset’leri ile app’in hiç yüklemediği platform library’leri temizlendi. Böylece v0.37.0 backend split ile oluşan size artışı geri alındı.
Hata Düzeltmeleri
Running prose içindeki spaced panel reference artık figure’ı ayrı raster ve vector crop’lara bölmüyor.
Table’ın closing rule altındaki detector padding artık table’ın damaged formula sanılıp tamamen reddedilmesine neden olmuyor.
Native PDF extraction, caption ve graphic ownership’ını doğru element üzerinde tutuyor.
Grouped header ve row group içeren independently bounded table record’lar artık doğru recover ediliyor.
Cell source reference ve rich text korunuyor.
Desktop CLI, installation path Chinese character içerdiğinde legacy code page altında launcher’ı artık yanlış okumuyor; caller’ın code page ve exit code değeri de korunuyor.
Windows’ta local PDF translation, WASM asset’leri drive path üzerinde bulunduğunda artık unsupported module URL hatası vermiyor.
Notebook kernel, environment fingerprinting, package inventory ve lock capture işlemleri sırasında artık console window veya Windows Terminal flash etmiyor.
Translated PDF regeneration, embedded glyph-name spelling farklılıkları nedeniyle legitimate source text’i artık reddetmiyor; proven glyph’ler original ink’lerini koruyor.
Öne Çıkanlar
Yeni Özellikler
İyileştirmeler
Hata Düzeltmeleri