Linuxta paket yöneticilerinin programları kurduğu yerler sabittir, böyle bir şey yaptığınız zaman vlc dosyası /usr/bin içerisine gider, kurulum esnasında /usr dosya yolunu veya /usr/bin dosya yolunu ikinci bir diske bağlamak iş yapabilir (veya live ISO bootlayıp oradaki dosyaları 2. diske kopyalayıp daha sonrasında /etc/fstab düzenleyip ana sisteme dönmek.) ancak o zamanda DNF'in yüklediği bütün programlar 2. diske yüklenir dolayısıyla kesin bir çözüm olmaz. vlc dosyasını 2. diskte bir klasöre atıp ln -s ile sembolik bağlantı oluşturmayı deneyebilirsiniz, çalışır mı bilmiyorum, vlc'ye güncelleme geldikten sonra bu durum bozulabilir çünkü önceki dosyayı silip üstüne yazacaktır. Sistemin kendi programlarıyla yapılacak bir iş olmayabilir, ancak başka programlara göz atabilirsiniz. Distrobox programı mesela farklı farklı dağıtımları chroot ortamında çalıştırmayı sağlıyor, bu programı inceleyip eğer varsa ikinci diskte bir Fedora ortamı oluşturtabilir ve o ortam içerisinde dnf install vlc yapabilirsiniz. Aslında birçok yolu var ama dağıtımların kendi paket yöneticilerini olduğu gibi çalıştırarak pekte mantıklı değil, alternatif programlar gerekiyor. Flatpak içerisinde de programı istediğiniz özel bir alana kurmak mümkündür belki, hiç araştırmadım ama ona da göz atabilirsiniz, daha sonrasında VLC'yi flatpaktan yüklersiniz.