Hangi dosyalarını kurtardığınıza bağlı hocam.
HTML olarak tüm sayfalara erişiminiz var ise birleştirilip düzenlenirse sorun olmaz.
Bunlar PHP kodları gibi sunucu taraflı ise Wayback Machine o kodları okuma modunda gördüğü için sunucu taraflı kodların tekrar yazılması gerekebilir.
Örnek vermek gerekirse. Sunucu tarafından bir kullanıcı tablosunu ekrana yazdırdınız ve Wayback Machine bunu önbelleğe aldı ve sizde indirdiniz. Bu dinamik olarak adlandırdığımız sayfa çalışacaktır fakat metin olarak veriler olacaktır. Bu tablonun tekrar olarak dinamik bir şekilde çalışması için kodların düzenlenmesi gerekmektedir.
İndirdiğiniz sayfanın ne tür olduğunu öğrenmemiz gerekli. Bir forum sitesi ize işiniz zor diyebilirim. Ama eğer bir blog veya kendi yaptığınız bir tema, script ise düzenlenerek aktifleştirilebilir.