Python scriptlerinizi direkt bir çalıştırılabilir dosya gibi çalıştırmamanız gerekiyor sanırsam, ben öyle bir kullanım görmedim hiç. O şekilde çalıştırınca tam dediğiniz şey yaşanıyor. Onun yerine komut satırından python script.py gibi bir komutla çalıştırmanız gerekiyor hatta ben Windows'ta kurduğumda python yerine py yazabiliyordum, otomatik alias oluşturuyordu sistem. Şu şekilde yani: py script.py.
Tabii komut bu hâliyle ancak siz komut satırında scriptin olduğu klasördeyken çalışır. Herhangi bir yerden çalıştırmak için dosyanın tam yolunu (absolute path) vermeniz gerekir. Başka yollar da var ama ben böylesini tercih ederim.
Net bilgim olmadığı için kesin konuşamam ama sanırsam öyle çalıştırmaya kalktığınızda sistem kendince bir komut satırı açıyor, program işini bitirdiği anda da bu komut satırı kapanıyor. Oysaki kendi açtığınız komut satırı, program işini bitirince kapanmayacağından çıktıyı görebiliyorsunuz. Tahminlerim bu yönde.