Mantikli cozum bu olmakla beraber asil olay gnome-tweaks uygulamasinin libadwaita configine ellesmemesi çünkü GNOME tam bir essek.
Çözümü için .config icindeki gtk-3 ve gtk4 klasorlerindeki konfig dosyalarina elle islemeniz gerekiyor diye hatirliyorum.
Githubdaki çoğu temada talimatı yaziyor libadwaitaya tema setupunun.
Muhtemelen bunu kullandiginiz temaya ek olarak kullanirsaniz işiniz cozulecektir.
Themes for GNOME 42 GTK4.0. Contribute to odziom91/libadwaita-themes development by creating an account on GitHub.